FR教育臨床研究所では、主に不登校や発達障害等の問題について、相談・調査・研究を行っています。
不登校については、「学校復帰」を目標にしています。しかし、再登校すれば問題解決と考えているわけではありません。真の問題解決は「自分で考え、自分で判断し、自分の足で歩み出すこと」であると考えています。
教師や家族の具体的な対応を「FR式不登校対応チャート」（登録商標）としてまとめています。この対応方法は、研修会を開催したり、各地に組織されている「FR式不登校対応チャート研究会」での継続的な学習を通して実践され、大きな成果を上げています。
また、所長の花輪は長年自閉症教育に携わってきましたが、発達障害についても、個人的に４０年以上前からADHDの研究に関わってきています。当時は誰にも相手されず、学会等で発表しても無視される時代でした。現在の状況を考えると隔世の感がするほどです。国立特殊教育総合研究所（現国立特別支援教育総合研究所）勤務時には、文部科学省とともに全国調査にも直接関わっています。
これまでの実践から、学校・家庭・専門機関の三者が協力し合うことが重要であると考えています。本研究所では、学校（教師）と家庭が協力しながら解決にあたる方法をとっており、そのための具体的なノウハウを提供しています。